整个博物馆分为室外和室内两个大的区域，室外包括了藏书殿、耶路撒冷第二圣殿模型，艺术花园，室内包括考古、艺术相关的几个馆，如果走心逛的话需要花上一天才能将整个博物馆一探究竟。但如果只有几小时参观时间的话，一定要看的就是第二圣殿模型。
耶路撒冷圣殿是古代以色列人最高的祭祀场所。自从公元前10世纪，所罗门圣殿（第一圣殿）在耶路撒冷建成，随即成为敬奉上帝耶和华的崇拜场所，也成了以色列人民族的象征。公元前539年，波斯帝国推翻了新巴比伦王国。波斯王居鲁士大帝颁旨，让犹太人在公元前537年回耶路撒冷重建圣殿。由于重建过程并不顺利，第二座圣殿于公元前515年完工。在公元前37年，圣殿由大希律王得到扩建。直至公元70年，犹太人反抗罗马帝国暴政，结果提多将军率军围攻耶路撒冷，圣殿被焚毁，仅留下西边一道围墙（哭墙）。
以色列博物馆中占地近一英亩的耶路撒冷第二圣殿模型，将公元66年的耶路撒冷重现出来，展示了古城鼎盛期的样子，参考大量古迹，将最贴近真实的一面呈现在大众面前。圣殿模型的主要建筑材料是石灰石（又名耶路撒冷石），自古至今耶路撒冷的建筑物都是由这种石材建造而成。
这么大的模型原来是存放在耶路撒冷的圣地旅馆，但因旅馆现在已改建为住宅区，如果不断的有人来参观的话会影响到居民的生活，后来才将它移至以色列博物馆，游客可围绕着这超大古城还原模型，感受这个国家历史时期的面貌。
耶稣时代耶路撒冷城的建筑群及其所在的地理方位都逐个的被复制展现出来，包括：耶路撒冷城墙城门、第二圣殿、希律王宫、罗马驻兵处的安东尼堡、大卫城堡、等等，当然还有一般的民居区。
